Dans les limites de la Baïkal réseau de territoire naturel des aires protégées ( AP ) a présenté cinq réserves , quatre parcs nationaux , 21 réserves fauniques , 128 monuments de la nature , un jardin botanique , les zones thérapeutiques et centres de villégiature . Le jardin botanique de 27,1 hectares est situé à Irkoutsk et est administré par l'Université d'Etat d'Irkoutsk . Dans les limites de la BNT a six aires de loisirs - "La côte deBaïkal" dans le district de Kaban, " Baïkal - Kultushnaya surf » et « Lemasovo " dans le district de Kaban , " Nord- Baïkal " dans la zone Severobaykalsky " Bargouzinski côte du Lac Baïkal " dans la zone Bargusinsky et " Lac Shchuchye " dans la région de Selenge . Ces aires de loisirs sont situés dans la République de Bouriatie et la responsabilité des administrations municipales .

La superficie des zones protégées du territoire naturel du Baïkal est de 46 000 mètres carrés, soit 12% de sa superficie totale et environ 2,3% de la superficie totale des zones protégées de la Fédération de Russie. Dans les limites de la zone écologique centrale du territoire naturel du Baïkal et du site du patrimoine naturel mondial « Lac Baïkal », les zones protégées occupent 25 600 mètres carrés (29% de la superficie de cette zone).

La création et le fonctionnement de zones protégées dans la Fédération de Russie sont régis par la loi fédérale n ° 33-FZ du 14 mars 1995 « Sur les zones naturelles spécialement protégées ».

En 2016, la loi fédérale n ° 254-FZ du 03.07.2016 « Sur la modification de certains actes législatifs de la Fédération de Russie » a modifié le paragraphe 2 de l'article 10. Conformément aux décisions du gouvernement de la Fédération de Russie, des centres de biosphère peuvent être créés sur certains territoires des réserves naturelles de l'État. La loi fédérale du 28 décembre 2016 n ° 486-FZ « Sur la modification de certains actes législatifs de la Fédération de Russie » a notamment modifié le système d'éducation et de gestion concernant des parcs dendrologiques et des jardins botaniques :

− la création de parcs dendrologiques et de jardins botaniques d’importance fédérale est effectuée par décisions du gouvernement de la Fédération de Russie, adoptées sur proposition de l’organe exécutif fédéral autorisé par le gouvernement de la Fédération de Russie (paragraphe 1, article 28.1 « Procédure de création de parcs dendrologiques et de jardins botaniques ») ;

− la création de parcs dendrologiques et de jardins botaniques d'importance régionale est décidée par le pouvoir exécutif suprême d'une entité constitutive de la Fédération de Russie, avec l'approbation d'une décision visant à créer, modifier le régime de protection spéciale avec un organe exécutif fédéral habilité dans le domaine de la protection de l'environnement, et également avec l’organe exécutif fédéral dans le domaine de la défense nationale et de la sécurité de l’État, dans l’hypothèse où des terres et d’autres ressources naturelles seront fournies dans les limites des zones protégées aux forces armées de la Fédération de Russie, troupes armées, autres troupes, unités et corps militaires (article 28.2 « Procédure de création de parcs dendrologiques et de jardins botaniques »). Les tâches, le zonage fonctionnel et les caractéristiques du régime de protection spéciale pour le territoire de chaque parc dendrologique ou jardin botanique sont déterminés par la réglementation concernant ce parc dendrologique ou jardin botanique (paragraphe 3, article 29 « Régime de protection spéciale pour les territoires des parcs dendrologiques et des jardins botaniques »).

Le parc national naturel de Chikoi est le « plus jeune » par la date de création . Le parc a été fondé le 28 février 2014 par décret du gouvernement de la Fédération de Russie n ° 158 dans le but de protéger les forêts de cèdres et la taïga de Sibérie du Sud avec des éléments de steppes de montagne et d'alpages situés dans la partie supérieure de la rivière Chikoi. Le parc a été créé lors de la liquidation et, en conséquence, il comprend la réserve naturelle d’importance fédérale Burkalsky et de la réserve naturelle d’importance régionale Atsinsky. Le parc national est situé sur les hauts plateaux de Khentei-Daur, dans la partie supérieure de la rivière Chikoi (bassin de Baïkal).

En 2012, le Zapovednoe Podlemorye FSBI a été fondé comprenant la réserve Barguzinsky, le parc national Trans-Baïkal et la réserve Frolikhinsky.

En 2013, le « Zapovednoe Baïkal » FSBI a été organisé, comprenant la réserve Baïkal-Lensky et le parc national du Baïkal.

Les activités du Zapovednoye Podlemorye FSBI et du Zapovednoye Pribaikalye FSBI s’exercent conformément aux tâches qui leur sont confiées dans les domaines : de conservation des ensembles et objets naturels, de recherche scientifique, d’activités environnementales et éducatives, de création de conditions et d’organisations d’activités de loisirs et de tourisme.